Qigong não é afiliado a nenhuma crença ou sistema religioso, nem entra em conflito com quaisquer crenças religiosas ou sistemas de qualquer natureza.

A medicina chinesa afirma que cada pessoa tem ou é composta de três tesouros. Estes são a mente, o corpo e o espírito. Alguns exercícios de qigong, meditações e visualizações envolvem a conexão com seu espírito, ou eu verdadeiro, para ajudar a acelerar o processo de cicatrização.

Outros envolvem o cultivo de um sentido de paz interior e uma conexão mais profunda com seu eu espiritual. A prática de qigong pode ser moldada para incorporar uma determinada crença espiritual ou religiosa, mas apenas se isso é o que deseja.